申請時に収支計画書に計上していなかった経費を実績報告時に計上することはできますか?

実際にかかった経費の計上はできますが、交付決定額を超えての補助はできません。
補助対象となる取組を計画通り実施していただいた上で、適正な証拠書類をご提出いただいた場合に、対象取組の対象経費の分のみ、交付決定額を上限として補助金が支払われますので、実施した取組が補助対象となる内容でなかった場合や、適正な証拠書類が確認できなかった場合は、補助金をお支払いできないこともありえます。