任意団体として「収益事業開始届出書」を税務署に提出しましたが、法人番号がまだ指定されていません。申請システム上の団体基本情報の法人番号欄は未入力でも問題ありませんか?

法人番号が指定されていない場合は、未入力でかまいません。
申請システム公開時は、法人番号の入力を必須としていましたが、法人番号が指定されない場合や法人番号が指定されるまで時間がかかることもありますので、任意項目としました。実績報告の際にも、番号が指定されていない場合は入力は不要です。