業務を委託しており、経費の大部分を一事業者に発注していますが、問題になりますか?

経費の大部分を一事業者に発注すること自体は問題ありません。ただし、申請者に実務実態がないまま業務を委託している場合や、一事業者が業務を受託することについて妥当性が確認できなかった場合、その事業者について詳細な説明を求めたり、その事業者から先の支払い確認のための証拠書類等をご提出いただくことがあります。