補助事業以外にも取引がある事業者とは、支払いを相殺処理するため、収支報告書に記載する金額と銀行振込明細書等の証拠書類の金額が異なりますが、証拠書類として認められますか?

認められません。通常は相殺処理しているとしても、本補助事業については収支報告書に記載した金額については相殺処理せずに、請求・支払いの手続きをし、証拠書類で証明できるようご準備ください。